El primer documento en el que se menciona el "lugar de la vega" está fechado el 1 de julio del año 1063 (s.XI). Se trata de una donación que el rey de Navarra Sancho IV el fuerte (1054-1076) hace a don Nuño, obispo de Álava; le entrega el usufructo vitalicio de la "iglesia que dicen de Santa María de la Vega con su cementerio", a condición de que a su muerte deje libre la propiedad al Monasterio de San Millán de la Cogolla.

Así, durante buena parte de la Alta Edad Media este territorio de la Vega perteneció al señorío eclesiástico del mencionado monasterio. Sin duda, tanto las referencias documentales , como los más recientes estudios arqueológicos, desarrollados en las proximidades del templo, evidencian asentamientos humanos en esta zona desde muy antiguo y además ponen de manifiesto que este territorio permanecería, también, como un espacio bien diferenciado respecto al asentamiento del antiguo Haro.